在国务院工作期间，李克强深感多个部门管一件事程序之繁、协调之难。食品工业的产业链从田间延伸到餐桌，有十多个部门监管，责任往往难以划清。海上执法涉及多个部门，维权力量分散，常被称为“五龙治海”。李克强力主创新变革，改变铁路长期政企不分的状况，整合食品药品、海洋等管理机构，优化一些职能交叉的管理机构，使一些延续多年的问题开始得到解决。